Ulama adalah pewaris para Nabi” itulah sabda Rasulullah SAW dan itulah bukti bahwa para ulama itu mempunyai tugas seperti tugas para Nabi. Tugas Nabi dan para ulama, oleh sebab itu adalah membacakan ayat-ayat Allah, mensucikan jiwa, mengajarkan kandungan kitab suci dan hikmah kepada masyarakat (QS al-Jumuah 1).

Namun, tantangan dakwah para ulama masa kini semakin berat. Para ulama menghadapi tantangan internal dan eksternal. Tantangan internal Islam berupa kelesuan dan kejumudan intelektual, kepicikan pikiran, perselisihan antar mazhab dan golongan dan lain sebagainya. Tantangan internal itu pun bertambah berat karena tantangan eksternal yang berupa paham dan ideologi asing seperti sekularisme, liberalisme, relativisme, feminisme dan kesetaraan gender, pluralisme agama,  humanisme dan lain-lain. Paham-paham itu semua kini telah masuk mempengaruhi pemikiran Islam dan cara berfikir umat Islam. Akibat dari tantangan ini adalah kelemahan umat Islam berbagai bidang.

Paham-paham itu semua telah mempengaruhi pemikiran cendekiawan Muslim dalam bidang aqidah, syariah dan akhlaq, namun tidak banyak disadari dan difahami oleh para ulama karena memang sumbernya adalah worldview asing.

Untuk menghadapi kedua tantangan internal dan eksternal ini, diperlukan program kaderisasi ulama yang memfokuskan pada tiga hal : Pertama, pendalaman ulang konsep-konsep fundamental dalam worldview Islam yang relevan untuk menghadapi tantangan dakwah kontemporer. Kedua, mengenal dan mendalami metodologi, konsep-konsep, teori dan bahkan argumentasi dari paham-paham tersebut di atas. Ketiga mendalami teknik dan metode beragumentasi dalam menghadapi paham-paham tersebut.

Program Kaderisasi Ulama (PKU) Gontor, pada mulanya dicanangkan oleh Majelis Ulama Indonesia (MUI) Pusat dalam rangka memperkuat dan mendukung Fatwa Majelis Ulama Nomor : 7 / Munas VII/MUI/11/2005 Tentang Pluralisme, Liberalisme, dan Sekulerisme Agama. Namun, Majelis Ulama Indonesia (MUI) tidak menemukan lembaga yang siap menjadi penyelenggara program ini. Dr. K.H. Abdullah Syukri Zarkasyi, M.A. (Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor) yang menjabat sebagai Ketua MUI Pusat bidang Pendidikan, menyatakan siap menjadi penyelenggara. Majelis Ulama Indonesia (MUI) akhirnya menyetujui dan sepakat agar Program Kaderisasi Ulama tersebut diselenggarakan di Pondok Modern Darussalam Gontor. Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor kemudian menunjuk Centre for Islamic and Occidental Studies (CIOS), salah lembaga riset di Universitas Darussalam, sebagai pelaksana.

Akhirnya, dengan rahmat dan karunia Allah, pada tanggal 4 April 2008  Program Kaderisasi Ulama resmi dibuka. Program ini dibuka oleh Menteri Agama Republik Indonesia Dr. K.H. Maftuh Basyuni, S.H. dan disaksikan oleh Ketua Majelis Ulama Indonesia) KH. Khalil Ridwan, Ketua MPR Dr. Hidayat Nurwahid dan para ulama. Adapun peresmian gedung Program Kaderisasi Ulama dilakukan oleh Syeikh al-Azhar (1996-2010) Dr. Muhammad Sayyid Tantawi, dan Ketua Rabitat al-Jamiat al-Islamiyah Prof.Dr. Ja’far Abdussalam.

Sejak dibuka tahun 2008 hingga tahun 2017 Program Kaderisasi Ulama (PKU) di Universitas Darussalam Gontor telah menamatkan 10 angkatan. Masing-masing angkatan diikuti oleh kurang lebih 30 orang peserta, kecuali angkatan ke 10, 11, dan 12 yang diikuti oleh 70 peserta yang terdiri dari 30 peserta regular dan 40 orang peserta utusan pemerintah daerah. Dan angkatan ke 13 tahun ini berjumlah 29 peserta.